Arrêt maladie : ce qui change vraiment au 1er septembre 2026

À compter du 1er septembre 2026, un médecin ne peut plus prescrire un arrêt de travail de plus de 31 jours en une seule fois, et une prolongation ne peut plus dépasser 62 jours. C’est ce que fixe le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, publié au Journal officiel du 13 juin. Vos droits, eux, ne bougent pas : ni le montant de vos indemnités journalières, ni le délai de carence de 3 jours, ni la durée totale pendant laquelle vous pouvez être indemnisé. Ce qui change, c’est la mécanique administrative, et le nombre de fois où vous devrez retourner voir votre médecin.

Ce que dit exactement le décret du 12 juin 2026

Le texte est court. Il insère un article R. 162-1-7-1 dans le code de la sécurité sociale et fixe deux plafonds : trente et un jours pour une première prescription, soixante-deux jours pour une prolongation. Il s’applique aux arrêts prescrits par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme, et concerne les assurés du régime général comme ceux du régime des salariés agricoles.

Ce décret n’arrive pas seul. Il est pris pour l’application de l’article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, qui a inscrit ces plafonds dans la loi en réécrivant les articles L. 162-4-1 et L. 162-4-4 du code de la sécurité sociale.

Source : décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, JORF n° 0137 du 13 juin 2026.

Ce que ça change concrètement pour vous

Jusqu’ici, rien n’interdisait à un médecin de poser un arrêt de trois mois en une seule ordonnance. À partir du 1er septembre 2026, ce même arrêt de trois mois devra être découpé : un premier avis de 31 jours maximum, puis des prolongations de 62 jours maximum.

Trois conséquences pratiques, si votre arrêt dépasse un mois.

Vous retournerez plus souvent chez le médecin. Chaque nouvelle tranche suppose une consultation et un nouvel avis d’arrêt de travail. Pour une pathologie longue, cela signifie plusieurs rendez-vous supplémentaires sur l’année.

Vous aurez plusieurs documents à transmettre. Chaque avis d’arrêt reste soumis à la règle des 48 heures : vous devez l’adresser à votre caisse primaire d’assurance maladie et à votre employeur dans ce délai, quelle que soit la durée de l’arrêt prescrit. Un oubli sur une prolongation peut suspendre un versement.

Vous devrez faire attention à qui prescrit la prolongation. Depuis la même réforme, l’indemnisation d’une prolongation n’est maintenue que si elle est prescrite par le médecin qui a posé l’arrêt initial, par votre médecin traitant, par une sage-femme ou par un chirurgien-dentiste, sauf impossibilité que vous pouvez justifier. Passer par un médecin de garde inconnu, un dimanche, sans justification, peut donc coûter cher.

La dérogation existe, et elle est écrite dans la loi

Le plafond n’est pas un couperet. L’article L. 162-4-1 du code de la sécurité sociale, dans sa version applicable au 1er septembre 2026, prévoit noir sur blanc que le praticien peut y déroger « lorsqu’ils justifient, sur la prescription, de la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient », en tenant compte des recommandations de la Haute Autorité de santé quand elles existent. La même faculté figure à l’article L. 162-4-4 pour les prolongations.

Autrement dit : pour un cancer, une pathologie lourde ou une suite opératoire complexe, votre médecin peut toujours prescrire au-delà de 31 ou 62 jours. Il doit simplement le motiver sur la prescription. Si vous êtes dans cette situation, posez-lui la question directement en consultation plutôt que de découvrir un découpage inattendu sur votre avis d’arrêt.

Ce qui ne change pas : votre indemnisation

Le décret ne touche pas à l’indemnisation, il n’encadre que la durée des prescriptions. Le mode de calcul de vos indemnités journalières reste celui décrit par l’Assurance Maladie : 50 % de votre salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des salaires bruts des trois derniers mois, dans la limite de 1,4 fois le SMIC mensuel.

Le délai de carence de trois jours s’applique toujours au début de chaque arrêt, avec les exceptions habituelles : reprise d’activité de 48 heures maximum entre deux arrêts, affection de longue durée, accident du travail ou maladie professionnelle. Et le plafond global reste le même : 360 jours d’indemnités journalières sur une période maximale de trois ans, et une indemnisation possible pendant trois ans en cas d’affection de longue durée.

Une précision utile pour les arrêts qui s’enchaînent : le découpage d’un arrêt long en tranches ne rouvre pas de nouveau délai de carence, dès lors qu’il s’agit d’une prolongation sans reprise de travail supérieure à 48 heures.

Un réflexe à garder, quel que soit le nombre de tranches : conservez tous vos relevés d’indemnités journalières sans limitation de durée. L’Assurance Maladie le rappelle, ces relevés valident des droits à la retraite au même titre que vos bulletins de salaire. Si vous voulez mesurer l’effet d’une longue absence sur votre carrière, notre simulateur de calcul de retraite vous donne un ordre de grandeur.

Faut-il s’inquiéter si vous êtes déjà en arrêt ?

Non. Le décret entre en vigueur le 1er septembre 2026 et s’applique aux prescriptions établies à partir de cette date. Un arrêt en cours au 31 août 2026 continue de produire ses effets jusqu’à son terme. En revanche, si vous demandez une prolongation après le 1er septembre, c’est le nouveau plafond de 62 jours qui s’applique à cette prolongation.

Reste une question que le décret ne traite pas : ce qui vous a conduit là. Si votre arrêt est lié à l’épuisement ou à des conditions de travail devenues intenables, lisez nos repères sur les signaux du burn-out et la façon d’y réagir, et sur la négociation de vos conditions de travail, avant que la question ne se pose en termes médicaux.

Questions fréquentes

Mon médecin peut-il encore me prescrire six mois d’arrêt ?

Pas en une seule prescription, sauf s’il justifie sur l’ordonnance la nécessité d’une durée plus longue au regard de votre situation. Dans le cas général, il devra procéder par tranches : 31 jours pour l’arrêt initial, puis des prolongations de 62 jours maximum.

Vais-je perdre de l’argent à cause de cette réforme ?

Le décret ne touche ni au montant des indemnités journalières, ni au délai de carence, ni à la durée maximale d’indemnisation. Le risque financier vient d’ailleurs : un avis de prolongation transmis hors délai, ou prescrit par un praticien qui n’est ni votre médecin traitant ni celui qui a posé l’arrêt initial, peut interrompre le versement.

Et si j’ai une affection de longue durée ?

Les plafonds de 31 et 62 jours s’appliquent à la prescription, pas à vos droits. Une affection de longue durée reste indemnisable jusqu’à trois ans, et le délai de carence n’est retenu que pour le premier arrêt sur cette période de trois ans. Le praticien peut par ailleurs déroger au plafond en le motivant.

Qui doit recevoir mon avis d’arrêt de travail ?

Votre caisse primaire d’assurance maladie et votre employeur, dans les 48 heures, pour chaque avis, y compris les prolongations. Depuis le 1er juillet 2025, seul le formulaire Cerfa sécurisé est accepté pour les prescriptions papier : les scans et photocopies sont refusés.

Cette mesure va-t-elle vraiment réduire les arrêts maladie ?

Le décret encadre la durée des prescriptions, il ne juge pas de leur bien-fondé. L’effet réel dépendra du recours des praticiens à la dérogation prévue par la loi et du comportement des assurés face à la multiplication des démarches. Aucune évaluation publique n’est disponible à ce stade.